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    如何使用ncbi搜索并下載基因序列

    來源:懂視網 責編:小OO 時間:2020-04-11 08:34:05
    導讀如何使用ncbi搜索并下載基因序列,基因的全序列是么?OK進入NCBI,選中mapview選擇項。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/輸入你要下載的基因名稱和物種。舉個例子,我要下載小鼠的IGF2基因。先在下拉菜單中選musmusculus(小鼠的拉丁文),for后面填寫IGF2基因(你要NCBI是生物學科經常使用的搜索引擎,其收納了大量的基因和蛋白序列,可

    基因的全序列是么? OK 進入NCBI,選中mapview選擇項。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/ 輸入你要下載的基因名稱和物種。 舉個例子,我要下載小鼠的IGF2基因。 先在下拉菜單中選mus musculus(小鼠的拉丁文), for后面填寫IGF2基因(你要

    NCBI是生物學科經常使用的搜索引擎,其收納了大量的基因和蛋白序列,可以對這些序列進行比對、設計引物等,功能非常強大。接下來以下載H9亞型流感病毒HA基因為例為大家介紹如何使用NCBI搜索并下載基因序列。

    方法

    利用瀏覽器搜索NCBI,點擊進入官網。

    打開ncbi網頁,在最上面的搜索框旁邊的下拉條選擇nucleotide,輸入MC1R(有時候需要寫全稱比較準),點擊“search".然后可以看到搜索到的網頁的右上角有:Top Organisms [Tree],再點擊那個”Tree",可以看到分類群的各種不同種屬的數據。點哪個種

    進入官網后在欄目內選擇“Nucleotide”,搜索欄內輸入“Avian influenza virus H9 HA”,輸入完畢后點擊“search”。

    OMIM數據庫之父Victor Almon McKusick先生是位臨床醫生。該數據庫的最原始的版本是一本叫MIM的遺傳學書籍,后來挪到了網上,就加了一個“O”稱為在線的人類孟德爾遺傳學。所以OMIM數據庫不同于其他的NCBI數據庫。其設計之初是為臨床醫生提供在線瀏

    新的頁面會顯示許多關于“Avian influenza virus H9 HA”的基因序列,如果其中的一個符合你的要求,就在它序列前的方框打勾即可。也可以根據自身需求繼續在搜索條內添加限定,比如添加“2010”,即2010年分離到的病毒。

    我現在的文件里有幾百個基因的ID(EntrezID),怎樣去下載這些ID對應的基因fasta格式的序列?NCBI里有Batchentrez,但是需要的是accession和GI號,我轉換完ID之后,都是一

    選定目的基因序列后,點擊界面右上角的“send to”,在“choose destination”中選擇“file”,在“format”中選擇“FASTA”,最后點擊“create file”即可將序列下載到自定義文件夾。

    GenBank同二樓說的,還有DDBJ、EMLB,是世界三大核酸數據庫,三者各有優缺點,如果要完整菌種的序列,你可以將三者結合使用,希望幫到你。

    下載完畢后打開所在文件夾就能看到基因序列了。

    小鼠的可以下載,牛的恐怕暫時還沒有 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/mouse/

    擴展閱讀,以下內容您可能還感興趣。

    我想在NCBI上下載特定物種的Sox21基因的序列?要怎么操作?

    這里zd:內容

    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/?term=Sox21更多追問追答追問我是想下載它的序列,就是ATGC的那些東西。追答  你可以點擊那些鏈接啊,或者你說具體點,你需要那個物種的SOX21,要cDNA還是基因組DNA。追問我沒發現連接里面有具體的序列呀?,要基因組DNA追答哪個物種的基因組DNA的SOX21?追問老鼠,人,猩猩,狗都行追答  1. 點下面這個鏈接:

      http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=332929391&g=refGene&i=NM_007084&c=chr13&o=95361878&l=95361878&r=95364389&db=hg19

      2. 往下拉,點這個地方:Genomic Sequence from assembly,就來到如下頁面:

      http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=332929391&g=htcGeneInGenome&i=NM_007084&c=chr13&l=95361878&r=95364389&o=refGene&table=refGene

      3. 選擇好上下游長度,以及其它選項,往下拉,點submit:

      你試試看。追問能加下QQ說么?我QQ402758327追答沒有用過QQ。

    如何在NCBI上尋找果蠅的所有基因名稱,并下載。

    建議直接看ncbi 網站說明。知道序列號就可以輕松找到該基因了。一個序列號一般對因一個基因呀 !也可用序列隊序列比對法直接找一下

    我英文不好,誰能教下怎么從NCBI上下載真核原核生物基因序列,具體點

    打開NCBI網站知,在search中選擇Nucleotide核酸序列,后面輸入你想找序列的拉丁文,搜索,點擊道序列,選著fasta格式,在上方中間位專置send選擇file,create file 就下載下來了,可以屬以記事本格式打開

    GenBank Release146(http://www.ncbi.nih.gov/Genbank/)基因序列怎么下載的

    首先,你的網址就不zhidao對,https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/其次,選擇數據庫,輸入你版的基因編號,搜索,然后下載權。追問這個

    Release146

    怎么下的?

    從ncbi下載的全基因組序列壓縮包是FNA格式 不能解壓怎么辦

    通常下載基因組序列是fasta或者text格式,用電腦自帶的筆記本軟件就能打開,沒見過下載壓縮包這么麻煩的。

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