法律分析：一、工廠休假扣工時合法嗎。不合法的，可以申請勞動仲裁維護自己的合法權益?！吨腥A人民共和國勞動爭議調解仲裁法》。第二條中華人民共和國境內的用人單位與勞動者發生的下列勞動爭議，適用本法。(一)因確認勞動關系發生的爭議。(二)因訂立、履行、變更、解除和終止勞動合同發生的爭議。(三)因除名、辭退和辭職、離職發生的爭議。(四)因工作時間、休息休假、社會保險、福利、培訓以及勞動保護發生的爭議。(五)因勞動報酬、工傷醫療費、經濟補償或者賠償金等發生的爭議。(六)法律、法規規定的其他勞動爭議。二、如何申請勞動仲裁。申請人申請仲裁應當向勞動合同履行地或用人單位所在地勞動仲裁委員會提交書面仲裁申請，并按照被申請人人數提交副本。仲裁申請書應當載明下列事項。