法律分析：不合法。法律規定，因勞動者本人原因給用人單位造成經濟損失的，用人單位可按照勞動合同的約定要求其賠償經濟損失。經濟損失的賠償，可從勞動者本人的工資中扣除。工廠自身的原因導致經濟損失的，扣員工的工資不合法。法律依據：《中華人民共和國勞動法》 第五十條 工資應當以貨幣形式按月支付給勞動者本人。不得克扣或者無故拖欠勞動者的工資。