法院在審理婚外情糾紛案件時會按照以下的規定來確定孩子撫養權的歸屬?！蛾P于人民法院審理離婚案件處理子女撫養問題的若干具體意見》。1、兩周歲以下的子女，一般隨母方生活。母方有下列情形之一的，可隨父方生活。(1)患有久治不愈的傳染性疾病或其他嚴重疾病，子女不宜與其共同生活的。(2)有撫養條件不盡撫養義務，而父方要求子女隨其生活的。(3)因其他原因，子女確無法隨母方生活的。2、父母雙方協議兩周以下子女隨父方生活，并對子女健康成長無不利影響的，可予準許。3、對兩周歲以上未成年的子女，父方和母方均要求隨其生活，一方有下列情形之一的，可予優先考慮。(1)已做絕育手術或因其他原因喪失生育能力的。(2)子女隨其生活時間較長，改變生活環境對子女健康成長明顯不利的。(3)無其他子女，而另一方有其他子女的。