分居協議書可以進行公證的。根據相關法律規定，合同、繼承、委托等事項，可以依法辦理公證手續，且經公證的協議，應當作為認定事實的根據，但有相反證據足以推翻該項公證的除外?！痉梢罁?；《中華人民共和國公證法》第十一條。根據自然人、法人或者其他組織的申請，公證機構辦理下列公證事項。（一）合同。（二）繼承。（三）委托、聲明、贈與、遺囑。（四）財產分割。（五）招標投標、拍賣。（六）婚姻狀況、親屬關系、收養關系。（七）出生、生存、死亡、身份、經歷、學歷、學位、職務、職稱、有無違法犯罪記錄。（八）公司章程。（九）保全證據。（十）文書上的簽名、印鑒、日期，文書的副本、影印本與原本相符。（十一）自然人、法人或者其他組織自愿申請辦理的其他公證事項。第三十六條；