法律分析：檢察院不起訴不會留有案底。案底又稱犯罪人員犯罪記錄制度，在我國法律中一般指有過刑事犯罪前科的檔案記錄，而該犯罪檔案一般存放至公安部門與相關國家機關。人民法院依法審判，判處有罪的，才會有案底，檢察院不起訴也就不會被判決，自然不會有案底。法律依據：《中華人民共和國刑事訴訟法》 第十六條 有下列情形之一的，不追究刑事責任，已經追究的，應當撤銷案件，或者不起訴，或者終止審理，或者宣告無罪：(一)情節顯著輕微、危害不大，不認為是犯罪的；(二)犯罪已過追訴時效期限的；(三)經特赦令免除刑罰的；(四)依照刑法告訴才處理的犯罪，沒有告訴或者撤回告訴的；(五)犯罪嫌疑人、被告人死亡的；(六)其他法律規定免予追究刑事責任的。