醫保和農合有以下不同點：首先，繳費主體不同，醫保是城鎮職工繳納的，而農村合作醫療是農民繳納的；其次，費用不同，醫保具有強制性，按照職工工資的一定比例收取，而農村合作醫療是農民自愿參加，費用一般固定；再次，繳納方式不同，醫保是單位和職工一起繳納的，而農村合作醫療是農民自己繳納的。此外，新農村合作醫療和醫療保險也有區別，新農村合作醫療是國家針對農民實施的一項醫療保障制度，以戶為單位自愿參保，不能強迫參保，不能報銷門診醫療費用，而城鎮職工個人基本醫療保險是針對城鎮職工實施的一項基本保險制度，繳費由個人和單位兩部分構成，可以報銷門診和住院費用。