中國科大研究生院成立于1978年，是經國務院批準創辦的中國首個研究生院。1981年，學校被國務院批準為首批博士、碩士學位授予單位。1983年，在人民大會堂舉行的我國首批18名博士學位授予儀式中，有6名來自中國科大。1978年恢復研究生招生至2021年7月，學校累計已授予博士學位15569名，學術碩士學位20931名，專業碩士學位25271名。截至2021年6月，在學博士研究生6522人，全日制學術型碩士研究生5620人，全日制專業學位碩士研究生5540人，非全日制專業學位碩士1797人，中科院代培研究生844人。